ONT RNA 甲基化

无需与特异性抗体结合,得到RNA上的甲基化修饰。

产品介绍

mRNA最常见的内部修饰包括N6-腺苷酸甲基化(m6A)、N1-腺苷酸甲基化(m1A)、胞嘧啶羟基化(m5C)等。RNA甲基化修饰6mA是指RNA分子腺嘌呤第 6 位氮原子上的甲基化修饰,是mRNA上最丰富的甲基化修饰, 占到RNA甲基化修饰的80%。 RNA上不同修饰的碱基在通过Nanopore纳米孔通道时造成的阻碍大小不同,产生具有特征的电流信号。通过对这些信号进行实时监测,则可获取相应的碱基类型,及其是否携带碱基修饰!也就是说Nanopore测序可以无需与特异性抗体结合,得到单碱基分辨率下RNA上的甲基化修饰。

实验流程

分析流程

产品优势

长读长

理论上Nanopore技术的测序平均读长能够达到几十到上百 Kb,最长读长能达到2 Mb以上级别;

无需打断

利于全长转录本定量及可变剪切检测等;

低成本

相比其他三代测序技术,ONT测序样本处理极其简单,无需DNA聚合酶、连接酶和dNTPs,测序价格低;

不进行PCR扩增

避免二代测序中PCR扩增可能引入的错误;

检测能力

可直接跨越串联重复序列、高GC/AT序列、高度多态性区域、高度同源区域等特殊区域,检测能力大大优于二代测序;

可直接读取碱基修饰信息

如甲基化修饰m5C、m6A等,无须像二代测序需要经过重硫酸盐转化或者免疫沉淀富集实验。

产品应用

基因结构研究

包括可变剪接、APA、融合基因、SSR、CDS预测、TSS/TES鉴定等

基因功能研究

侧重于解决携带特定功能的组织,以期揭示导致不同功能的主要原因

全长转录本定量研究

无需结合二代转录组数据,即可实现转录本水平的定量从而找到全面有效的差异转录本,鉴定功能基因

等位基因特异性表达分析

等位基因表达非均等,基因组信息相同而表型不同样本之间可能发生了单等位基因随机表达,等位基因特异表达是癌症重要特征之一。

RNA甲基化

基于RNA样本不扩增直接全长转录组测序,可以检测RNA水平的碱基修饰,如m6A

方案思路设计

研究RNA甲基化修饰过程中的参与者分子在疾病或某一生命过程中的功能。

揭示疾病或者某一生命过程中RNA甲基化修饰的变化,即揭示疾病特异性m6A RNA甲基化图谱。

揭示疾病或者某一生命过程中特定RNA甲基化修饰与疾病的关系。

鉴定参与RNA甲基化修饰的新分子,或者建立研究RNA甲基化修饰的新方法。

结果展示

?转录本甲基化水平的小提琴图

绘制所有样品检测到的不同位点的甲基化水平分布,横坐标为样品,纵坐标为甲基化水平,不同颜色代表不同样品

甲基化水平相关性

对所有样品检测到的位点甲基化水平进行相关性分析,可反映不同样品之间甲基化水平的相关性强弱。

差异甲基化位点统计

对不同差异分组的差异甲基化位点Differential methylation loci,DML)进行分析,并指出高甲基化/低甲基化的DML数目。

差异甲基化位点聚类

对筛选出的差异甲基化位点进行聚类分析

常见问题

什么是甲基化水平甲基化

这里转录本的甲基化水平定义为该转录本上所有位点的甲基化水平的均值。

RNA的修饰过程中有哪些分子参与?

a、Writers:将甲基化修饰“写入”RNA,即介导RNA的甲基化修饰过程。最常见的分子是METTL3和METTL14,两者可在体外和体内催化mRNA(和其他细胞核RNA)的m6A甲基化。WTAP是这种甲基转移酶复合体中的另一个关键组分。

b、Erasers:将RNA甲基化修饰信号“擦除”,即介导RNA的去甲基化修饰过程。FTO和ALKBH5可以去除mRNA(和其他细胞核RNA)上的m6A甲基化。

c、Readers:“读取”RNA甲基化修饰的信息,并参与下游RNA的翻译、降解等过程。比如具有YTHDF结构域的蛋白能够识别并结合mRNA中的m6A,而这种结合会减少mRNA的半衰期促使其降解。

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