简化甲基化测序

评估CpG甲基化水平

产品简介

简化甲基化测序(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)主要针对CpG富集的区域的甲基化研究方法,它依据限制性内切酶酶切手段将DNA酶切成小片段,选取特定片段大小的序列进行重亚硫酸盐测序分析,旨在评估CpG甲基化水平。

实验流程图

简化甲基化生物信息分析流程

根据甲基化位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息,可以得到区域或者位点在基因组发生的区域(Promoter区、genebody区、downstream区等)每个区域分为20个bin统计基因组的基因不同区甲基化水平,计算方法分为fraction/mean/weight?methylation level。这里设定基因前2K范围为Promoter区,下游2K为downstream区;同时利用RepeatMasker预测的repeat区以及基因注释文件对甲基化位点进行注释。输出结果见下图:

相关问题

简化甲基化测序有哪些技术优势?

多样本的覆盖区域重复性高;

可达到单碱基分辨率;

性价比高,

主要针对CpG富集的区域的甲基化研究方法。

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